Hacia 1903 asume el gobierno de la Provincia de Entre Ríos, el Dr. Enrique Carbó y nombra como Director General de Escuelas al Prof. Manuel Antequeda. Estudios realizados en esa fecha revelan que de 606 maestros que trabajaban en la provincia, la mayoría de los que lo hacían en el campo no poseía formación docente. Los que tenían título, egresados de la Escuela Normal de Paraná y otros, no se trasladaban al campo por las distancias, la falta de medios de transporte y su carencia de preparación para desarrollar su actividad en el medio rural.

Esta situación, ya evaluada por el Poder Ejecutivo Provincial,  lo impulsa a adquirir la estancia Nuestra Señora de los Ángeles que era propiedad de la sucesión de Ramón Febre. Con la anuencia de la Legislatura y por Ley Nº 1897 del año 1904 se adquiere la mencionada explotación configurada por 3.708 has. En abril de ese año, Antequeda resuelve fundar en el edificio que fuera casco de la estancia, y en un terreno de 400 has, una Escuela Normal para maestros rurales con anexos de carácter agropecuario e industrial.

Para las prácticas docentes se anexa una Escuela Rural Modelo, que en la actualidad sigue funcionando como Departamento de Aplicación, con el nombre de Maestro Alberdino «Alfredo Alfonsini», en el cual los alumnos del Profesorado de Nivel primario, continúan desarrollando su labor de aprendizaje.

La norma de Antequeda también establecía que la escuela dispondría para las clases prácticas de: biblioteca, laboratorio, depósito de semillas, taller de carpintería y herrería, plantel de animales y contaría con todas las dependencias de una chacra escolar y sus herramientas. También se disponía la creación de un internado ya que fue proyectada para alumnos varones de distintos lugares de la provincia.

El 17 de julio de 1904, en el patio de la ex estancia, se llevó a cabo el acto de inauguración de la Primera Escuela Normal Rural de América Latina. En el tiempo transcurrido desde su creación, los planes de estudio y las dependencias han cambiado de acuerdo a los momentos y necesidades de la provincia y el país. Es importante recordar además, que a partir de la obligatoriedad de la Educación General Básica, la residencia estudiantil que era solamente para varones, se extiende para estudiantes mujeres. Las primeras alumnas que recibe la Escuela Alberdi como externas, datan de 1980.

La Escuela Alberdi hasta el año 2000 dependía del  Consejo General de Educación de la Provincia de Entre Ríos, a partir de ese momento pasa a formar parte de la Universidad Autónoma de Entre Ríos y dentro de ella de la Facultad de Humanidades, Artes y Ciencias Sociales. Actualmente la Escuela Secundaria y el Nivel Superior funcionan en forma diferenciada en lo académico y en lo administrativo, pero comparten espacios, bienes y algunos recursos humanos.