Los pares evaluadores están obligados a actuar según el Código de Ética de la CONEAU, con absoluta independencia de criterio, sin asumir la gestión de intereses particulares ajenos a la misión encomendada; están obligados a excusarse de intervenir cuando, por razones de vínculos académicos, institucionales o familiares, de amistad o enemistad personales, pudiera estar comprometida su imparcialidad. Firman un convenio de  confidencialidad, por el que  se comprometen a no divulgar las informaciones relevadas, ni el resultado de la evaluación. Los miembros del Comité de Pares pueden ser recusados cuando manifiesten falta de méritos académicos o profesionales para la evaluación, o cuando haya antecedentes específicos que los inhabiliten para el desempeño de su función.